কিন্তু এখনও নেপালে অত্যন্ত প্রাচীন বিশুদ্ধ বৌদ্ধমন্দির সকল অতি সুন্দর-অবস্থায় আছে। এই সকল বৌদ্ধমন্দির তিন প্রধান শ্রেণীতে বিভক্ত করা যায়;—
১। কতকগুলি আদিবুদ্ধের নামে উৎসর্গীকৃত।
২। কতকগুলি কোন বোধিসত্ত্ব মহাত্মার স্মৃতিচিহ্ন।
৩। অধিকাংশ মন্দির কোন মৃত মহাত্মার দেহাবশেষ বা চিতাভস্ম রক্ষার জন্য নির্ম্মিত হইয়াছে।
কাটমণ্ডু সহরের অদূরে স্বয়ম্ভূনাথের প্রসিদ্ধ বৌদ্ধমন্দির এই প্রথম শ্রেণীর অন্তর্গত। ইহা বৌদ্ধধর্ম্মাবলম্বী নেওয়ারদিগের অতি পবিত্র তীর্থ। নেপালের ইহা প্রাচীনতম মন্দির বলিলেও চলে। দুই সহস্র বৎসর পূর্ব্বে ইহা প্রতিষ্ঠিত হয়, এই রূপ অনুমান করা অসঙ্গত নহে। কাটমণ্ডু সহরের এক মাইল পশ্চিমে একটী ফুদ্র পর্ব্বতের শিখরদেশে স্বয়ম্ভুনাথের বা আদিবুদ্ধের এই প্রসিদ্ধ মন্দির অবস্থিত। নেপাল উপত্যকা হইতে এই পর্ব্বতটী প্রায় ৩০০ ফিট্ উচ্চ হইবে।
কথিত আছে মাঞ্জুশ্রী বোধিসত্ত্ব যখন নাগবাস হ্রদের জল নির্গত করিয়া দেন তখন হ্রদে একটী শতদলের মধ্যে স্বয়ম্ভূ ভগবান্ দিব্যজ্যোতিতে প্রকাশিত হইলেন। সেই পদ্মের মূল পশুপতিনাথের নিকটবর্ত্তী গুহ্যেশ্বরীতে নিহিত ছিল, এবং পুষ্পটীর উপর বর্ত্তমান স্বয়ম্ভূনাথের মন্দির প্রতিষ্ঠিত হইয়াছে। স্বয়ম্ভূনাথের মন্দিরের অদূরে মাঞ্জুশ্রীর মন্দির দেখিতে পাওয়া যায়। নেপালে মাঞ্জুশ্রীর অনেক মন্দির আছে। অনেক স্থলে বুদ্ধের চরণ এবং মাঞ্জুশ্রীর চরণ মন্দিরে